Oficial de inteligencia, Onoda había estado en Lubang desde 1944, unos meses antes de que los estadounidenses invadieran y retomaran Filipinas. Las últimas instrucciones que recibió de su superior inmediato le ordenaron retirarse al interior de la isla, que era pequeña y, en verdad, de importancia mínima, y hostigar a las fuerzas de ocupación aliadas hasta que el Ejército Imperial Japonés finalmente regresara.

 

"Estás absolutamente prohibido morir por tu propia mano", le dijeron. "Puede tomar tres años, puede tomar cinco, pero pase lo que pase, volveremos por usted. Hasta entonces, debes continuar luchando”.

 

Onoda continuó su campaña con un reducido grupo combatiente, inicialmente viviendo en las montañas con tres compañeros soldados (el soldado Yūichi Akatsu, el cabo Shōichi Shimada y el soldado de primera clase Kinshichi Kozuka). Durante su estadía,

Onoda y sus compañeros llevaron a cabo actividades guerrilleras y participaron en varios tiroteos con la policía local.

 

Hacia fines de 1945, folletos instando a la rendición fueron lanzados por el aire con una orden de entrega impresa en ellos por orden del general Tomoyuki Yamashita del 14° Ejército. Habían estado escondidos por más de un año, y este folleto era la única evidencia de que la guerra había terminado. El grupo de Onoda miró muy de cerca el folleto para determinar si era genuino y decidió que no lo era.

 

Uno de los cuatro, Yuichi Akatsu se alejó de los demás en septiembre de 1949 y se rindió a las fuerzas filipinas en 1950, después de seis meses de andar solo. Esto debió ser un problema de seguridad para los otros japoneses y se volvieron aún más cuidadosos.

 

En 1952, cartas y fotos familiares fueron lanzadas desde un avión instándolos a rendirse, pero los tres soldados concluyeron que esto era un truco. Shimada recibió un disparo en la pierna durante un tiroteo con pescadores locales en junio de 1953, después de lo cual Onoda lo cuidó hasta que recuperó la salud.

 

El 7 de mayo de 1954, Shimada murió por un disparo hecho por un grupo de búsqueda de los japoneses. Kozuka murió por dos disparos de la policía local el 19 de octubre de 1972, cuando él y Onoda, como parte de sus actividades guerrilleras, estaban quemando arroz que habían recolectado los granjeros. Onoda ahora estaba solo.

 

El 20 de febrero de 1974, Onoda conoció a un hombre japonés, Norio Suzuki, que viajaba por todo el mundo, buscando al "teniente Onoda", conocedor ya de la historia en torno al soldado. Suzuki encontró a Onoda después de cuatro días de búsqueda, se hicieron amigos, pero Onoda aún se negó a rendirse, diciendo que aún esperaba las órdenes de un oficial superior.

 

Suzuki regresó a Japón con fotografías de él y de Onoda como prueba de su encuentro, y el gobierno japonés localizó al comandante de Onoda, el mayor Yoshimi Taniguchi, quien desde entonces se había convertido en librero. Voló a Lubang, donde el 9 de marzo de 1974, finalmente se reunió con Onoda y cumplió la promesa hecha en 1944.

 

Onoda fue así relevado del deber y se rindió entregando su espada, su rifle Arisaka Tipo 99 en funcionamiento, algunas municiones y varias granadas de mano, así como la daga que su madre le había dado en 1944 para suicidarse si era capturado. Aunque había matado personas y se había involucrado en tiroteos con la policía, se tomaron en consideración las circunstancias (es decir, que creía que la guerra aún estaba en curso), y Onoda recibió el perdón del presidente Ferdinand Marcos.

 

Según los informes, Onoda no era feliz con su condición y ser el centro de atención.

 

En abril de 1975, siguió el ejemplo de su hermano mayor, Tadao, y dejó Japón para ir a Brasil, donde se dedicó a criar ganado. Se casó en 1976 y asumió un papel principal en Colônia Jamic (colonia Jamic), la comunidad japonesa en Terenos, Mato Grosso do Sul, Brasil. Onoda regresó a Japón en 1984 y estableció el campamento educativo “Onoda Shizen Juku” para jóvenes, celebrado en varios lugares de Japón.

 

Onoda murió de insuficiencia cardíaca el 16 de enero de 2014, en el Hospital Internacional de San Lucas en Tokio, debido a complicaciones por neumonía.